• virus

• clamidie

• rickettsie

• micoplasmi

• batteri (Gram positivi e gram negativi)

• spirochete

• actinomiceti

• miceti

• protozoi

• elminti

• Bacilli: a bastoncino; si dividono in Clostridi (anaerobi) e Bacilli (anaerobi e/o aerobi)

• Cocchi: a sfera; se si dispongono a coppia si chiamano diplococchi, a catena si chiamano streptococchi, a grappolo si chiamano stafilococchi, a forma di cubo si chiamano sarcine

• Vibrioni: a virgola

• Spirilli: a spirale

• Spirochete: con più curve

Batteri Gram-negativi
La parete cellulare di questi batteri, che appare di colore rosa alla colorazione di Gram, contiene lipopolisaccaridi, potenti induttori di citochine come il fattore di necrosi tumo­rale (tumor necrosis factor, TNF), responsabili di febbre e shock settico. Questi germi sono causa di numerosi quadri infettivi: i Gram-negativi sono i più comuni agenti eziologici di cistite e pielonefrite. Le specie di Haemophilus possono causare otiti medie, sinusiti, tracheobronchiti e polmoniti: le infezioni delle vie respiratorie basse si manifestano prevalentemente in adulti con malattia polmonare cronica ostruttiva. Haemophilus è anche un'importante causa di meningite, specie nei bambini. Tranne quest'ultimo germe, i Gram-negativi non sono causa di polmoniti acquisite in comunità, ma possono determinare polmoniti nosocomiali.
Ad eccezione del rischio specifico di infezione da Pseudomonas nei tossicodipendenti, i Gram-negativi possono impiantarsi occasionalmente su corpi estranei come valvole cardiache protesiche e, più raramente, su quelle naturali.

Le Enterobacteriaceae comprendono Escherichia coli, Klebsiella, Enterobacter, Serratici, Salmonella, Shigella e Proteus, che sono grandi bacilli Gram-negativi. Tranne per l'occasionale riscontro di un alone chiaro (che rappresenta un'ampia capsula) che circonda alcune specie di Klebsiella, questi microrganismi non sono distinguibili l'uno dall'altro con la colorazione di Gram. Le Enterobacteriaceae sono patogene a livello dell'inte­stino e dell'apparato genitourinario. Salmonella (cfr diarrea infettiva), che di solito determina enterite, occasionalmente può infettare le placche di aterosclerosi e/o gli aneurismi. Shigella è causa della dissente­ria di origine batterica. Proteus, che scinde l'urea, è associato alla presenza di calcoli ramificati nelle vie urinarie. Con sempre maggiore frequenza, germi Gram-negativi che hanno sviluppato la capacità di resistere all'azione di diversi antibiotici sono causa di infezioni nosocomiali .
Tra i cocchi Gram-negativi che causano malattie nell'uomo ci sono alcune specie di Neisseria e Moraxella: questi diplococchi reniformi non sono differenziabili con il metodo di colorazione di Gram. Neisseria meningitidis è una delle principali cause di meningite purulenta, mentre Neisseria gonorrhoeae (cfr malattie sessuali) è l'agente eziologico della gonorrea. Moraxella catarrhalis, che fa parte della normale flora del cavo orale, è responsabile di infezioni otorinolaringoiatriche e delle basse vie respiratorie.
 

Batteri Gram-posìtivi
Anche se questi microrganismi (che appaiono di colore violaceo alla colorazione di Gram) non producono endotossine, possono determinare febbre: queste infezioni non sono differenziabili a livello clinico da quelle causate dai Gram-negativi.
Bacilli Gram-positivi
Le infezioni da bacilli Gram-positivi, come la difterite, sono relativamente rare, ma alcuni corinebatteri provocano infezioni nell'ospite immunodepresso e a livello di shunt e/o valvole protesiche. Dal momento che i corinebatteri sono saprofiti cutanei, spesso contaminano le emocolture: in determinati contesti sono dei potenziali patogeni. Listeria monocytogenes somiglia a Corynebacterìum e, nel paziente immunodepresso, è un'importante causa di meningite o batte-riemia di origine alimentare. Bacillus cereus è responsabile di avvelenamenti da cibo; altre infezioni gravi, dovute a que­sta e ad altre specie di Bacillus, si manifestano tra i tossicodipendenti. Le infezioni da clostridi sono state illustrate nei paragrafi precedenti.